L’articolo 29 del Protocollo istituisce la Conferenza delle Parti che serve da incontro delle Parti (Conference of the Parties serving as meeting of the Parties, COP-MOP) ovvero la conferenza dei rappresentanti dei Governi che hanno ratificato il Protocollo. La COP-MOP esamina e promuove l’attuazione del Protocollo, valuta i risultati raggiunti e adotta modifiche, formula raccomandazioni, istituisce organismi sussidiari, interagisce con le organizzazioni internazionali competenti e gli organismi intergovernativi e non governativi.
La prima Conferenza delle Parti (COP-MOP 1) si è tenuta a Kuala Lumpur, Malesia, nel 2004. Le successive si sono ripetute annualmente fino al 2006, quindi ogni due anni fino alla COP-MOP 9 che si è svolta a Sharm El Sheikh, Egitto, dal 17 al 29 novembre 2018.
La prossima Conferenza delle Parti che serve da incontro delle Parti (COP-MOP 10) si terrà a Beijing, Cina, ad ottobre 2020.