Le aree marine protette sono 27 oltre a 2 parchi sommersi che tutelano complessivamente circa 228mila ettari di mare e circa 700 chilometri di costa. Ogni area è suddivisa, generalmente, in tre tipologie di zone con diversi gradi di tutela. Sono costituite da ambienti marini, dati dalle acque, dai fondali e dai tratti di costa prospicienti, che presentano un rilevante interesse per le caratteristiche naturali, geomorfologiche, fisiche, biochimiche con particolare riguardo alla flora e alla fauna marine e costiere e per l'importanza scientifica, ecologica, culturale, educativa ed economica che rivestono.
Vi è inoltre il Santuario Internazionale dei mammiferi marini, detto anche Santuario dei Cetacei.
Elenco delle Aree Marine Protette
- Area marina protetta Capo Caccia - Isola Piana [1]
- Area marina protetta Capo Carbonara [2]
- Area marina protetta Capo Gallo - Isola delle Femmine [3]
- Area marina protetta Capo Rizzuto [4]
- Area marina protetta Cinque Terre [5]
- Area marina protetta Costa degli Infreschi e della Masseta [6]
- Area marina protetta Isola dell'Asinara [7]
- Area marina protetta Isola di Bergeggi [8]
- Area marina protetta Isola di Ustica [9]
- Area marina protetta Isole Ciclopi [10]
- Area marina protetta Isole di Ventotene e Santo Stefano [11]
- Area marina protetta Isole Egadi [12]
- Area marina protetta Isole Pelagie [13]
- Area marina protetta Isole Tremiti [14]
- Area marina protetta Miramare [15]
- Area marina protetta Penisola del Sinis - Isola di Mal di Ventre [16]
- Area marina protetta Plemmirio [17]
- Area marina protetta Porto Cesareo [18]
- Area marina protetta Portofino [19]
- Area marina protetta Punta Campanella [20]
- Area marina protetta Regno di Nettuno [21]
- Area marina protetta Santa Maria di Castellabate [22]
- Area marina protetta Secche della Meloria [23]
- Area marina protetta Secche di Tor Paterno [24]
- Area marina protetta Tavolara - Punta Coda Cavallo [25]
- Area marina protetta Torre del Cerrano [26]
- Area marina protetta Torre Guaceto [27]
- Parco sommerso di Baia [28]
- Parco sommerso di Gaiola [29]
- Santuario per i mammiferi marini [30]