Nel Protocollo vengono individuate le diverse fasi della procedura d'accesso alle risorse genetiche e di ripartizione dei benefici da esse derivanti. Di seguito, si riporta una sintesi delle principali fasi.

• Colui che intende utilizzare una data risorsa (ad esempio un'impresa o un ricercatore) presenta una domanda d'accesso al Paese fornitore della risorsa stessa. A tale scopo, ogni Stato deve istituire un servizio nazionale dove centralizzare le domande.
• I Paesi fornitori, ed eventualmente le comunità locali, devono dare il loro assenso preliminare, con conoscenza di causa, per un impiego mirato della risorsa genetica: in tal senso, il Protocollo parla di “Consenso informato preventivo – PIC ”.
  Inoltre, dovranno essere stabilite delle clausole contrattuali fra le due parti che definiscano la modalità di ripartizione dei benefici con i Paesi o con le comunità fornitori (“Termini reciprocamente concordati - MAT”). PIC e MAT sono quindi le due clausole principali che un utilizzatore dovrà soddisfare per poter accedere ad una risorsa genetica. L'autorizzazione, o certificato di compliance, viene poi emanata dall’ autorità nazionale competente del Paese fornitore: essa dovrà comprovare che l’accesso alle risorse genetiche sia avvenuto conformemente al PIC e che siano stati definiti i MAT.
• Il corretto percorso delle risorse genetiche viene poi verificato da appositi punti di controllo cosiddetti checkpoints.
• Le informazioni relative all’accesso e alla ripartizione dei benefici vengono condivise attraverso il centro di scambio sull'accesso e la ripartizione dei benefici "Clearing House Mechanism" utilizzato appunto per lo scambio di notizie sulla concessione di licenze e sull’origine delle risorse per le quali è stato rilasciato il certificato di conformità.