Il Programma di lavoro pluriennale (Multi Annual Work Programme) per il periodo 2018-2020 specifica l’allocazione indicativa dei fondi tra i settori prioritari, i temi dei progetti che attuano le priorità tematiche di cui all’Allegato III del regolamento (UE) n. 1293/2013, la metodologia tecnica per la selezione ed i criteri di attribuzione dei punteggi per le sovvenzioni. Inoltre sono contenuti nel Programma Pluriennale i risultati, gli indicatori e gli obiettivi quantitativi e qualitativi per ciascun settore prioritario e ciascuna tipologia di progetti. 
Il secondo Programma di lavoro pluriennale tiene conto dell’esperienza maturata nel periodo 2014-2017 e delle raccomandazioni formulate nell’ambito della valutazione intermedia (COM(2017) 642) che invitava ad introdurre misure di semplificazione delle procedure per la presentazione delle domande (presentazione in due fasi per il sottoprogramma Ambiente) e a dare maggiore risalto alla replicazione e/o trasferimento dei risultati.